Unterstützt von seiner rechten Hand The Baroness plant Waffenmagnat McCullen mit Hilfe einer brandneuen Technologie und einer genetisch manipulierten Armee, die Weltherrschaft zu übernehmen. Bei einem Überfall auf einen Militärkonvoi bringt er vier Sprengköpfe in seine Gewalt, die er selbst davor der Army verkauft hat. Die Soldaten Duke und Ripcord überleben den Angriff und werden in die von General Hawk geführte Eliteeinheit G.I. Joe aufgenommen, die die Sprengköpfe wieder sicherstellen will. Duke bringt sie auf die richtige Fährte, der in der Baroness seine ehemalige Freundin Anna wiedererkennt.